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华中科技大学薛宇教授学术报告

来源: 点击: 时间:2019年09月04日 16:50


报告时间:2019年9月11日下午4点


报告定点:计算机楼313会议室


报告题目:蛋白质翻译后修饰的生物信息学


报告人:  薛宇  华中科技大学生命科学与技术学院


报告摘要:蛋白质磷酸化是最重要也是研究最广泛的翻译后修饰之一。人类基因组编码了520个催化磷酸化反应的蛋白激酶基因,其中~1/3激酶的突变与癌症和疾病相关。在真核生物的细胞中,~30%蛋白质被磷酸化修饰,并在细胞信号转导的通路中发挥重要作用。传统实验学方法鉴定磷酸化位点需要耗费大量的时间、精力和资金,通过生物信息学的预测指导,能够大大提高实验验证的准确性和效率,起到“事半功倍”的效果。围绕激酶特异性磷酸化位点预测,我们基于“相似肽段可能具有相似生物学功能”的基本假设,设计了GPS(Group-based Prediction System, 分组预测系统)系列算法,并构建相应的计算软件。GPS 1.1能够预测71个激酶组,总共216个激酶的特异性位点。在此基础上,我们进一步发展了新的GPS 2.0算法,并使用JAVA语言构建了可本地化安装、运行的软件包。计算方法上有两个重大改进,一是根据已有的激酶分类信息,首次引入“Hierarchical classification”(阶层分类)的概念确定激酶特异性磷酸化位点的训练集。其次是提出“Matrix Mutation”(矩阵突变)的概念,通过随机突变的方法处理打分矩阵,从而提高预测性能。GPS 2.0是修饰生物信息学研究领域第一个可下载、可安装、可本地化执行的软件,能够分别预测人类408个激酶的磷酸化位点。利用GPS软件,结合磷酸化蛋白质组学鉴定,我们系统探索了磷酸化调控细胞自噬的潜在机制,发现了两个新的自噬调控因子。


报告人简介:薛宇,华中科技大学生命科学与技术学院,教授、博士生导师。主要研究方向为蛋白质翻译后修饰的生物信息学,近年来紧密围绕修饰底物和位点预测、修饰数据资源构建与可视化,以及修饰组学数据整合与功能分析等重要科学与技术问题,采用由点及面、层层推进的研究策略,取得了阶段性研究成果。以第一或通讯作者身份发表SCI 论文61篇,包括Cell Research(IF=15.393)1 篇、Nature Protocols(IF=12.423)1 篇、Nucleic Acids Research(IF=11.561)14 篇和Autophagy(IF=11. 1)2 篇,引用>100次的13篇。近5年以唯一或共同通讯作者身份发表SCI收录论文26篇,其中IF>10的论文9篇。全部论文在近5年内被他人引用3026次,主要作者论文单篇最高他引294次。2010年入选教育部"新世纪优秀人才支持计划",2014年入选中组部"万人计划"青年拔尖人才,2017年入选教育部"长江学者奖励计划"青年学者。2013年1月获"青年科学之星铜奖",2015年10月获科技部与盖茨基金会联合颁发的"大挑战2015o青年科学家"奖。应邀担任Genomics, Proteomics & Bioinformatics(IF=6.615)、Cells(IF=4.829)、Scientific Reports(IF=4.122)、BMC Genomics(IF=3.370)和PLoS One(IF=2.766)等国际期刊编委,担任多个国际学术会议的组委,应邀多次在国际会议上作特邀报告。


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